第二季紧接第一季结尾。幸存的科学家们被军方扣押并审问，他们对深海中的“智慧流体”信息闭口不谈。与此同时，全球各大洋同时报告有巨型不明物体浮出水面，不是UFO，而是类似深海城市的“气泡泡”。新一季引入了一组来自中国的深海救援队，与美方合作探索这些气泡。他们发现，海底智慧生物并非要侵略，而是在逃离某种更古老的、正在吞噬海洋的黑暗物质。这一次，人类必须学会和“怪物”合作，才能拯救地球。

全面升级了第一季的格局，从密室逃生变成了全球性的灾难悬疑。特效明显增加了预算，深海世界的奇观令人叹为观止。在科幻外衣下，依然保持了对于人性贪婪的批判。新加入的角色非常讨喜，多线叙事并行不乱，挖坑也挖得让人心甘情愿。