第二季开篇，哥谭市在企鹅人的统治下暂时维持着脆弱的和平。戈登因杀死西奥·盖勒文而被调任至港口做巡逻警，前途渺茫。此时，一种名为“恐惧毒素”的新型药物流入黑市，它能放大使用者心中最深的恐惧。更可怕的是，一个自称“噬愚者”的神秘连环杀手出现，他专门猎杀那些依靠智商玩弄法律的高智商罪犯，并将他们的尸体布置成诡异的逻辑谜题。少年布鲁斯·韦恩在阿尔弗雷德的训练下，开始深入城市下水道调查父母死亡的真正动机，并意外发现了这座城市地底下埋藏的第一代猫头鹰法庭遗迹。

相较于第一季，第二季的节奏更加黑暗且疯狂。反派塑造极为成功，“噬愚者”的设定甚至抢了主角的风头。韦恩的成长线与戈登的堕落线双线并进，极具悲剧张力。